Axundov yeni əlifba uğrunda fəaliyyətə başladığı ilk dövrdə hələ ərəb əlifbasını tamamilə atmaq, Avropa əlifbası əsasında tərtib edilmiş yeni əlifbaya keçmək məsələsini irəli sürmürdü. Əlifba haqqında tərtib etdiyi birinci layihəsində və buna yazdığı şərhində o, ərəb əlifbasını islah etmək yolu ilə onu asanlaşdırmaq fikrində idi.
Təqribən 1857- ci ildən Mirzə Fətəli Axundov əlifbamızın dəyişdirilməsi uğrunda çalışmağa başlayır. Böyük maarifçi, Yaxın Şərq xalqlarının mədəni geriliyinin bir səbəbini köhnə ərəb əlifbasında görürdü.
1857- ci ildə ərəb əlifbasını dəyişdirmək məqsədilə fars dilində bir kitabçadan ibarət layihə tərtib edir. Bu xüsusdakı fikirlərini Yaxın Şərqdə həyata keçirmək məqsədilə, 1863- cü ildə İstambula gedir. İstambulda əlifbanın dəyişdirilməsi haqqındakı fəaliyyətini M. F. Axundov tərcümeyi- halında bu şəkildə izah edir.:
“Əlifbanı dəyişdirmək haqqındakı kitabçanı Rusiya elçisi Drağomanın vasitəçiliyi ilə Türkiyə sədrəzəmi Fuad paşaya təqdim etdim; türkcə pyeslərimi və “hekayəti Yusif şah”ı da göstərdim. Kitabça sədrəzəmin əmrilə “Cəmiyyəti-elmiyyəyi-Osmaniyyə”də tədqiq edildi; hər xüsusda onu məqbul tapdılar, təqdiq etdilər. Lakin həyata keçirilməsini caiz görmədilər. Buna görə ki, yenə bu əlifba kitabçasında gəlmə tərkibində hərflərin bir-birilə birləşməsi təb işi üçün çətinlik törədildi.
Dedim ki, bu surətdə köhnə islam əlifbasında tamam bir dəyişklik etmək lazım gəlir;yəni islam əlifbasının hərfləri də avropalıların yazılarındakı hərflər əsasında olmalı və yazı soldan sağa doğru yazılmalı,nöqtələri tamamilə atılmalı və hərflərin şəkilləri latın əlifbasından seçilməli və səsli hərflər tamamilə səssiz hərflərin yanınca yazılmalıdır.Xülasə sillabi əlifbanı alfabeti əlifbaya çevirməli.Bu fikrin qəbulunda da İstanbul alim və vəzirləri müvafiqət göstərməlidilər və İstambulda yaşayan İran səfiri Hüseyn xanın mənə ədavəti də osmanlıların müvafiqət etməzliyini qüvvətləndirdi.
Xülasə məqsədimə çatmadan İstambuldan qayıtdım.lakin Osmalı dövlətində keçmiş islam əlifbasını dəyişdirmək xəyalım qəbul olunmadısa da, əlifbanı dəyişdirmək xüsusunda mənə təhsin fərmanilə Məcidiyyə nişanı bağışladılar.
İstanbulda ikən Mirzə Hüseyn xandan bir çox acılıqlar gördüm ki, onların hamısını burada zikr etmək baş ağrısı olar.Bu adam keçmişdə öz dövlətinin Tiflis konsulu idi.Mənə ürəyində şiddətli ədavəti varmış.Lakin mən onun ədavətindən xəbərsiz olub onu öz dostum sanıb evində mənzil etdim.Axırda ədavəti meydana çıxdı və bütün osmanlı vəzirləri yanında məni islam din və dövlətinin bədxahı nişan verdi.
Məlum olduğu üzrə mənə ədavətinin səbəbi, mənim pyeslərimin iranlıların çirkin əxlaq və ədatlərini drama fənlərinin iranlıların çirkin əxlaq və adətlərini drama fənninin şərtləri üzrə həcv etməyim imiş. Bu adam drama fənnini və onun şərtlərini anlamadığından, dünya elmlərindən büsbütün bəhrəsiz olduğundan və hiyləgərlik, bəxillik, hirs və təməhdən başqa qabiliyyəti olmadığından bu hərəkətin mənim iranlılara qarşı kin bəslədiyimi zənn etmişdir. Onun ədavəti anlaşıldıqdan sonra evini tərk edib başqa yerdə mənzil tutdum”.
İstambuldan qayıtdıqdan sorna M.F.Axundov yenə əlifba haqqında ikinci bir layihə tərtib edərək Tehrana göndərir. Bu layihədə fanatik İran ruhailərindən ehtiyat etdiyi üçün, hərflərin şəklini sağdan sola doğru göstərir. Lakin başda Nəsrəddinşah özü olmaq üzrə irticapərəst İran Höküməti onun bu xüsusdakı fikirlərinə qətiyyən etina etməmişdir. Bundan başqa əlifba məsələsi ərtafında üçüncü bir lahiyə yazaraq Türkiyə sədrəzəmi Ali paşaya göndərir.
Həmin layihədə Türkiyə Alimlərindən Suavinin islam əlifbasının dəyişdirilməsinin lüzumsuzluğu haqqında məqaləsinə bir tənqid yazaraq ona əlavə edir. Lakin islam cəhalətpərəstliyinin hökm sürdüyü ölkələrdə onun bu layihələri həyata keçirilə bilmədi. Bundan mütəəssir olan ədib 1968-cü ildə farsca “əlifba haqqında” mənzuməsini yazdı Bu mənzumədə İranın və Türkiyənin cəhalətpərəst dövlət başçılarını şiddətli tənqid atəşinə tutdu.
60-cı illərdə ümumiyyətlə M.F.Axundovun köhnə ərəb əlifbasının dəyişdirilməsi uğrunda apardığı mübarizəsilə əlaqədar olaraq onun yaradıcılığında qızğın publisist fəaliyyəti dövrü başlayır. O, bu illərdə İranın və Türkiyənin dövlət başçılarına: həmin ölkələrin Mirzə Mülküm xan, Yusif xan,Əli Suavi və başqa nüfuzlu alim və yazıçılarına yazdığı yüzlərcə məktub və məqalələrində islam əlifbasının savad sahəsində törətdiyi çətinlikləri, bu əlifbanın ciddi nöqsanlarını dərindən və ərtaflı şərh edir və yeni əlifbanın faydalarından danışır.
İstanbul səfərindən qayıtdıqdan sonra əlifba haqqında İran və Osmanlı müasirlərilə apardığı qızğın qələm mübarizəsində M.F.Axundov böyük vətənpərvər və xeyirxah bir insan kimi canlanmaqdadır .Böyük ədibin publisist fəaliyyəti yalnız əlifbanın dəyişdirilməsi uğrunda apardığı mübarizəsilə əlaqədar deyil, onun bu sahədəki fəaliyyəti eyni zamanda islam dinin və cahələtpərəstliyi ifşa edən “Kəmalüddövlə məktubları” əsərinin nəşri və onun yaxın Şərqdə yayılması uğrunda apardığı mübarizəsilə də bağlıdır. 60-cı illərdə materialist bir filosof kimi yetişən M.F.Axundov, elm, incəsənət, tarix, dramaturgiya və s. haqqında bir sıra ciddi elmi və fəlsəfi əsərlərini yazmışdır.
1862-ci ildə o “Rovzətüssəfayi nasiriyyə mülhəqatı” əsərlərinin müəllifi Rzaquluxan hidayətinin mənzum tarix əsərinə, 1863-cü ildə İran şairi “ Şəmsüşşüara” nın qəsidəsinə dərin məzmunlu elmi məqalələrini yazır. Bu məqalələr onu incəsənətə, klassik şeirə, tarixə dərindən bələd olan zəngin və ətraflı məlimata malik bir alim kimi göstərməkdir.
M.F.Axundov həmin illərdə “Mollayi-Ruminin məsnəvisi haqqında tənqid”, “Yek gəlmə haqqında”, “Yuma cavab”, “ Türkiyə ordusunun 1618-ci ildə Bağdad ətrafında vəziyyəti” və s.siyasi, ictimai, tənqidi və fəlsəfi məqalələrini yazır. Bu dövrdə ədibin ən böyük və ciddi əsəri “Kəmalüddövlə məktubları” traktatıdır. Bu əsərdə dinin və ruhaniliyin kəskin surətdə tənqid edilməsi cəhalətin və fanatizmin hökm sürdüyü o zamankı mühitdə M.F.Axundovun həyatı üçün təhlükə yarada bilirdi.
“-Bir neçə vaxtdan sonra İslam milləti də yeni əlifbanın və mədəniyyətin əngəl təşkil edən islam dini ilə fanatizmin olduğunu anlayaraq bu dinin əsasını yıxmaq, fanatizmi qaldırmaq, Asiya xalqlarını qəflət və nadanlıq yuxusundan oyandırmaq və islamda protestantizmin lazım olduğunu isbat etmək məqsədilə Kəmallüdövləni yazmağa başladım”.
“Kəmalüddövlə məktubları” Azərbaycan, fars və rus dillərində çapa hazır olduqdan sonra müəllif onun Yaxın Şərqdə ziyalılar arasında yayılması uğrunda çalışdı.Müəllif bu əsərin nəşrinə müvəffəq olmadıqda onun üzünü çıxardıb, nüsxəsini əlyazmaları şəklində ziyalılar arasında yaydı. “Kəmalüddövlə məktubları” nın yazılması ilə əlaqədar olaraq M.F.Axundov İranda və Hindistanda Mirzə Yusif xan, Mirzə Mülküm xan, Hacı Şeyx Möhsün xan, Cəlaləddin Mirzə ,Nayibbi-vüzara Əbdülvahab xan, və başqalarının simasında özünün dost və şagirdlərini qazandı. “Kəmalüddövlə məktubları” nın nəşri və onun qaranlıq islam dünyasında yazılması M.F.Axundovun qarşısında əlifba məsələsindən sonra ikinci böyük bir məqsəd kimi dururdu. Ömrünün son illərində o, həmin əsərin nəşri ümidilə yaşayırdı. Lakin bu ümidinin də əlifba fəaliyyəti kimi boşa çıxdığını görən ədib, Brüsseldə ali təhsilinə davam edən oğlu Rəşidə göndərdiyi bir məktubunda yazmışdı: “Ələkbər ilə birlikdə “Kəmalüddövlənin” nəşr ediləcəyi ümüdilə yaşayırıq. Bilmirəm bu ümidim ölümümə qədər həyata keçiriləcəkmi, yoxsa bu da islam əlifbasının dəyişdirilməsi haqqında olan ümidim kimi məndən sonra sənin hər ikisini həyata keçirəcəyinəqədər boş xəyaldan ibarət qalacaqdır?”.
M.F.Axundov geniş xalq kütlələrini tez və asan bir yolla savadlandırmaq nüçün köhnə ərəb əlifbasının dəyişdirilməsi uğrunda mübarizə aparmış, Azərbaycan dilinin sadələşdirilməsi uğrunda çalışmış, dramatik əsərlərini çox sadə xalq danışıq dilində yazmışdır.M.F.Axundov da xalq ədəbiyyatına böyük əhəmiyyət vermiş və ədəbi yaradıcılığında xalq ədəbiyyatının tükənməz xəzinəsindən istifadə etmişdir.
Əlifba sahəsində böyük maneələrə baxmayaraq, alovlu vətənpərvər ədib öz məsləkindən dönmədi, ömrünün axırına qədər bu sahədə qələm çaldı, osmanlı vəzirləri , İran mürtəceləri ilə qələm mübarizəsi apardı, həmin məsələ ilə əlaqədar olaraq özünün məşhur “Əlifba haqqında mənzumə” əsərini yazdı.
Böyük maarifçi bu yolda mübarizə apararkən yalnız bununla özünə təsəlli verirdi ki, o, dünyadan həsrətlə, min təssüflə gedirsə də,onun bu yüksək arzusu xələfləri tərəfindən həyata keçiriləcəkdir. Onun yeni əlifba haqqındakı ideyası ancaq Kommunist partiyasının müdrik milli siyasəti sahəsində müvəffəqiyyətlə həyata keçirildi.